Olá Matheus
Se ambos fizeram o curso, ambos são donos.
A emissão da Nota Fiscal será na venda desse curso. Basta saber qual dos dois vai emitir a Nota para o cliente. Lembrando que o valor da Nota, dependendo do Regime Tributário, como simples Nacional, será integralmente tributado, independente se a empresa do sócio A for a responsável pela emissão. O pagamento ao sócio B, se esse não se enquadra como sócio da empresa emissora nota, pode ser considerado uma despesa por direitos autorais.
O melhor cenário seria, ambos serem sócios, e pela empresa vender esses cursos. Assim dividiria os lucros e despesas.
Espero ter ajudado.