Olá Daiana
Essa situação é bastante delicada e precisa ser regularizada o quanto antes. Mesmo sem as Notas Fiscais, é recomendado considera as entradas como Receita da empresa, pois o banco já enviou as informações para a Receita federal e omitir isso pode trazer prejuízos a empresa.
Além disso, precisa começar a emitir as Notas Fiscais. Ela é uma obrigação acessória e o pagamento do tributo é a obrigação principal, por isso calcule e recolha os DAS atrasados, incluindo multas e juros.Retifique as declarações fiscais dos períodos afetados.
Espero ter ajudado.