Olha assim , precisa ver o que aconteceu no desemquadramento do MEI, Pois geralmente quando acontece isso o sai de MEI para ME porem continua no SIMPLES, eu particularmente nao recomendaria dar baix, mais se compensa em ME, ficaria no simples com a mesma empresa.
(e sim a DCTF-web pode ser enviada zerada, ja que nao se trata de impostos).