Olá Valderi
Caso o CNPJ esteja inapto devido a pendências, será necessário regularizá-las antes de realizar o desenquadramento.
Se o CNPJ estiver ativo, é possível prosseguir com o desenquadramento, porém é recomendável regularizar as pendências para evitar a exclusão do Simples Nacional no futuro.
Espero ter ajudado.