Olá Emarielly, tudo bem?
Nesse caso, o mais correto é que seu cliente emita nota fiscal somente sobre os honorários e que as taxas do DETRAN sejam pagas diretamente pelo cliente. Assim, ele evita recolher impostos sobre valores que não representam receita para ele.
Sugiro também verificar com a garagem a possibilidade de os clientes anexarem à nota fiscal do despachante os recibos ou boletos dos pagamentos feitos ao DETRAN. Dessa forma, fica comprovado que esses valores foram pagos sem seu cliente ter que emitir eles em sua nota fiscal, porque realmente não faz sentido tributá-los.
Espero ter ajudado!