Olá Rayla
Transferências de mercadorias entre Matriz e Filial de diferentes Estados não incide ICMS, não existindo o Diferencial de alíquota.
Mas nesse caso, como a empresa não irá faturar, não é viável. Não existe empresa que compra e não tem vendas, pois sem vendas como paga as despesas com compras? Logo, Fisco pode fiscalizar e entender que está com a empresa apenas para fugir do imposto.
Espero ter ajudado.