Bom dia!
Olha, depende muito da sistemática. Ela teria uma Assossiação, por exemplo? Uma empresa sem fins lucrativos? Receberia como pessoa física?
Vai ser necessário entender a situação dela a fundo, pra trilhar o caminho correto.
Na área do aluno por exemplo, temos aulas específicas para o terceiro setor, que podem te auxiliar.
Espero ter ajudado.