Olá Mateus
Como esse profissional tem o CNPJ é bom verificar se tributariamente não é mais vantajoso recolher os impostos pela empresa.
Em relação ao ISS Fixo, precisa verificar a legislação Municipal, pois é de sua competência determinar se o profissional irá recolher o ISS fixo ou sobre o Faturamento.
Espero ter ajudado.