Olá Valdecir,
O IRPJ que ele paga na guia DAS é referente a empresa. Não é o mesmo da pessoa física que é descontado no pró-labore.
O IRPJ é sobre o lucro da empresa e IRPF é sobre “salário” dele como sócio na empresa.
IRPJ e IRPF são impostos distintos.
Na pessoa física a depender dos rendimentos, ele pode ter IR a restituir.
Espero ter ajudado.