Olá Nilza
Percentuais para transporte de cargas no Lucro Presumido:
Base IRPJ = 8% da receita bruta
Base CSLL = 12% da receita bruta
PIS - 0,65% da receita bruta
COFINS - 3% da receita bruta
ICMS/ISS conforme legislação estadual/municipal – variável
Como a empresa está em Minas Gerais, recomendo:
Verificar a legislação estadual do ICMS em Minas Gerais para transporte de cargas , cada estado pode ter particularidades de alíquota, substituição tributária, regime de crédito
Verificar se há obrigações municipais no município de sede da transportadora relativas a ISS, se for caso de transporte municipal ou serviços adicionais.
Se a empresa opera interestadualmente, verificar convênios ICMS e a origem-destino da operação, pois isso poderá alterar alíquota efetiva ou regime de tributação.
Espero ter ajudado.