Olá Monica
A partir de dezembro, Florianópolis passou a usar o padrão nacional da NFS-e para emissão das notas. Porém, o ISS continua sendo declarado e pago pelo SEFINNET, que é o sistema da própria Prefeitura. Por isso, a nota emitida no Portal Nacional não aparece automaticamente no SEFINNET. Enquanto a integração não estiver totalmente funcionando, o contribuinte deve:
Emitir a nota no padrão nacional (Portal da NFS-e).
Declarar manualmente os valores no SEFINNET na DES.
Gerar a guia do ISS (DAM) pelo SEFINNET normalmente.
Guardar o XML/PDF da nota como comprovação.
Se a empresa não conseguir lançar ou houver divergência, deve abrir um chamado com a Secretaria da Fazenda de Florianópolis.
Espero ter ajudado.