Olá Patrícia
Você está correta em sua percepção. Emitir uma NF em nome da empresa apenas para ajudar um colega é uma conduta incorreta e arriscada.
Essa nota “extra” pode fazer a empresa saltar de faixa, gerando uma alíquota efetiva maior. Pode alterar o percentual de pró-labore necessário para manter o Fator R acima de 28%, aumentando encargos trabalhistas e previdenciários.
Além disso, configura emissão de documento inidôneo, podendo ser enquadrado como crime tributário e falsidade ideológica.
A Receita Federal e a SEFAZ possuem cruzamento eletrônico de notas, o que torna fácil identificar que a operação não tem vínculo com a atividade da empresa.
Existe outros fatores de riscos também. Por isso, explique ao cliente que, ao tentar ajudar o colega, ele na prática está assumindo riscos tributários e penais.
Espero ter ajudado.