Olá Anderson, boa tarde.
Primeiro, é preciso definir o regime tributário do CNPJ. Depois será preciso ver as obrigações acessórias desse regime. Deixarei abaixo o link do Simples Nacional e Lucro Presumido.
Os médicos que vão atender, são os sócios da empresa? Se sim, a nota tem que ser emitida pela empresa e a partir dai voce faz a apuração.
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/124912-curso-pratico-de-simples-nacional
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/126614-lucro-presumido
Espero ter ajudado.