Olá Thamires
Ao realizar a compra isso é dado entrada como estoque. Ao emitir a nota de saída, ele da baixa nesse estoque e tem um caixa.
Na verdade não entendi esse pensamento dele, a orientação que precisa dar é que não adianta realizar o processo dessa maneira, pois ao emitir a nota de saída incide o Imposto, e esse Faturamento entende-se que cobriu o pagamento da mercadoria de revenda.
Essa é uma maneira errada de gerenciar a empresa, explique como deve ser feito, caso ele não queira seguir, você como Contadora fez seu papel de auxiliar.
Espero ter ajudado.