Olá Juliane, boa noite.
Sim, uma empresa cujo CNAE principal é a fabricação de um produto pode vender produtos já prontos de outros fabricantes. Isso é conhecido como atividade secundária. A empresa deve ter um CNAE específico para a atividade de comércio, que é considerada secundária em relação à atividade principal de fabricação.
Quanto aos impostos, com a reforma tributária brasileira, foi criado o Imposto sobre Bens e Serviços (IBS), que substituiu o ICMS e o ISS, e a Contribuição sobre Bens e Serviços (CBS), que substituiu o PIS e o Cofins. As empresas que comercializam produtos de terceiros devem estar atentas às novas regras de tributação aplicáveis ao IBS e à CBS.
Espero ter ajudado!