Olá Rafaela, tudo bem?
Particularmente, não tive esse tipo de problema. Pode ser apenas uma instabilidade momentânea no portal da NF-e.
Porém, o que diz na mensagem é que o certificado digital utilizado não tem o mesmo CNPJ base da empresa envolvida na NF-e. Acredito que isso pode acontecer, por exemplo, se o certificado for da filial e a nota tiver sido emitida pela matriz (ou o contrário).
Nesse caso, é importante conferir os 8 primeiros dígitos do CNPJ no certificado e na nota. Se forem diferentes, será necessário utilizar o certificado correspondente à empresa da NF-e.
Se o CNPJ base estiver correto e ainda assim o erro persistir, pode ser instabilidade do portal mesmo ou algum problema no certificado.
Espero ter ajudado!
