Boa tarde, Darlane,
O problema que você está enfrentando é bastante comum no processo de encerramento de CNPJ e costuma ter origem em uma inconsistência entre o cadastro da Receita Federal e o sistema que está sendo utilizado para dar entrada no pedido de baixa. Veja o que pode estar acontecendo e como resolver.
O primeiro passo é identificar exatamente em qual sistema o erro está ocorrendo. Se você está tentando fazer a baixa pelo Portal do Simples Nacional, pelo e-CAC ou pelo Integrador Estadual (no caso de empresas com registro na Junta Comercial via REGIN), cada um desses ambientes tem sua própria forma de validar o vínculo do CPF, e o erro pode ter causas diferentes em cada um deles.
Uma causa frequente é que o CPF que consta no cadastro do CNPJ está com alguma pendência ou irregularidade na Receita Federal, como situação cadastral suspensa ou cancelada. Mesmo que o número apareça vinculado à empresa, o sistema pode rejeitar o processamento se esse CPF não estiver em situação regular. Vale consultar a situação cadastral do CPF diretamente no site da Receita Federal antes de prosseguir.
Outra possibilidade é que o CPF esteja vinculado como responsável cadastral, mas não como sócio administrador com poderes para solicitar o encerramento. No quadro societário, existe uma distinção entre o responsável perante a Receita Federal e quem efetivamente detém poderes de gestão. Se o CPF vinculado for apenas de um contador ou responsável técnico, e não de um sócio com poderes de administração, o sistema pode bloquear o pedido de baixa.
Há ainda casos em que o problema está em um descompasso de atualização entre os sistemas. A Receita Federal integra dados de diversas fontes, como a Junta Comercial, o INSS e a própria base do CPF, e eventuais atualizações recentes no quadro societário podem demorar alguns dias para se refletir em todos os sistemas. Nesse caso, aguardar 24 a 48 horas e tentar novamente pode resolver.
Para investigar com mais precisão, o caminho mais indicado é acessar o e-CAC com certificado digital ou conta gov.br nível ouro ou prata, consultar a ficha cadastral completa do CNPJ e verificar se há alguma pendência ou inconsistência registrada na aba de situação cadastral e quadro societário. Em alguns casos, é necessário fazer uma atualização cadastral antes de solicitar o encerramento, por meio da Ficha Cadastral de Pessoa Jurídica (FCPJ) ou, se for empresa registrada na Junta, por meio de uma alteração contratual prévia.
Se após todas essas verificações o erro persistir, o mais eficaz é abrir uma solicitação de atendimento diretamente na Receita Federal, seja de forma presencial na unidade competente de acordo com o domicílio fiscal da empresa, seja pelo próprio e-CAC na opção de "Fale Conosco" ou abertura de processo digital. Ao fazer isso, descreva o erro exato que o sistema está apresentando e anexe a consulta da situação cadastral que mostra o CPF vinculado, para que o atendente possa identificar onde está a divergência no sistema