Olá, Suelen, tudo bem?
Particularmente, não lido com essa prefeitura, porém vários colegas contadores têm enfrentado dificuldades na emissão de notas fiscais de serviços, justamente em razão das mudanças de layout para o Portal Nacional, agora com a reforma tributária.
Recomendo que você entre em contato com a prefeitura para verificar se eles conseguem lhe auxiliar.
Espero ter ajudado.