Olá Gisele
Quando o estoque não existe fisicamente, ele não pode permanecer registrado no ativo, mesmo que venha sendo declarado há anos. A forma correta de encerrar é realizar um inventário físico formal (ainda que zerado), elaborar um termo de inexistência/perda de estoque explicando a origem da divergência e, em seguida, efetuar a baixa contábil do estoque contra o resultado do exercício, normalmente como despesa de perda ou ajuste de inventário, creditando a conta de estoques. Essa baixa deve ser refletida nas obrigações acessórias (ECD, ECF, SPED/Bloco H ou DEFIS), para que o saldo fique zerado. Do ponto de vista fiscal, no Lucro Presumido ou Simples Nacional, em geral não há impacto direto em IRPJ/CSLL, mas no Lucro Real a despesa pode ser considerada indedutível se não houver comprovação da perda, devendo então ser adicionada no LALUR. É fundamental manter documentação de suporte e, se o valor for relevante, registrar a decisão em nota explicativa e/ou ata societária, pois manter estoque inexistente declarado representa risco fiscal.
Espero ter ajudado.