Olá Thaynã, tudo bem?
Só complementando aqui: Ao apurar o Fator R de abril, você considera:
As receitas recebidas em abril
E os valores pagos da folha em abril, que normalmente são da competência março
Então, se o sistema está puxando a folha pela data de pagamento, eu entendo que pode está certo (porque você preenche as folhas anteriores) desde que seja para cálculo do Fator R. Mas confirme com seu suporte do sistema.
Vou deixar o link da nossa aula sobre fator R onde a professora sugere o uso da planilha (que está em anexo da aula) para poder te auxiliar melhor:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/236228-rotina-pratica-para-empresas-do-simples-nacional/4684018-fator-r
Espero ter ajudado!