Olá Denise, tudo bem?
Você irá avaliar o que é mais benéfico para seu cliente.
Abrir um novo CNPJ faz com que a empresa seja uma pessoa jurídica nova, e o pró-labore pago a partir do primeiro mês poderá ser considerado para o cálculo do Fator R já no segundo mês, acelerando o benefício do fator R.
Porém, essa movimentação gera custos e burocracias iniciais, pois será necessário:
Dar baixa no CNPJ antigo (pagamento de taxas na Junta Comercial e honorários contábeis), por exemplo;
Abrir o novo CNPJ (pagamento de taxas na Junta, Prefeitura, Alvarás, se aplicável, e honorários contábeis).
E só a partir do segundo mês de abertura do novo CNPJ é que o pró-labore poderá ser usado para cálculo do Fator R.
Verifica com seu cliente o que também faz mais sentido para ele, faça os cálculos certinhos, verifica a questão das taxas e dessa forma, vocês podem decidir como proceder de agora em diante.
Espero ter ajudado!