Bom dia, Charles,
Boa pergunta, e é uma dúvida bastante comum, então vale entender bem o raciocínio por trás disso.
O IPI sim, em regra, entra na base de cálculo do ICMS-ST. E a explicação para isso pode parecer contraditória à primeira vista, porque você está correto ao lembrar que o IPI não integra a base do ICMS comum quando a mercadoria se destina à revenda. Mas no caso da substituição tributária a lógica é diferente, e vou explicar o porquê.
Qual é a lógica da ST?
Na substituição tributária, o contribuinte substituto (geralmente o fabricante ou importador) está recolhendo antecipadamente o ICMS de toda a cadeia seguinte, incluindo o ICMS que seria devido pelo comerciante que vai revender a mercadoria ao consumidor final. Ou seja, o fato gerador presumido é a venda ao consumidor final, não a revenda entre empresas.
Por isso o IPI entra na base do ST
Como a base de cálculo do ICMS-ST precisa refletir o valor presumido que chegará ao consumidor final, ela deve considerar todos os elementos que compõem o custo da mercadoria ao longo da cadeia. O IPI é um desses elementos, pois ele integra o preço que o destinatário intermediário pagou, e esse valor se reflete no preço final ao consumidor.
A regra está prevista no artigo 8° da Lei Complementar 87/96 (Lei Kandir), e também é confirmada pelo Convênio ICMS 52/2017 (para operações com bens e mercadorias industrializados de origem nacional ou importada). O IPI compõe a base de cálculo da ST porque ele integra o valor da operação que serve de ponto de partida para o cálculo da margem de valor agregado (MVA).
Resumindo a diferença
No ICMS normal de revenda entre empresas: o IPI não entra na base porque o adquirente vai revender, então o IPI é recuperável como crédito ou simplesmente não integra a operação tributada pelo ICMS.
No ICMS-ST: o IPI entra na base porque se está calculando o imposto presumido da venda final ao consumidor, e o IPI compõe o valor de partida dessa presunção.
E na prática, na nota fiscal?
Sim, você deve destacar o IPI em cada item sujeito à ST. O valor do IPI vai compor a base de cálculo do ICMS-ST junto com o valor da mercadoria, o frete, o seguro e outras despesas acessórias, antes da aplicação da MVA. A fórmula geral fica assim:
Base de cálculo ST = (Valor da mercadoria + IPI + frete + seguro + outras despesas) x (1 + MVA)
Sobre esse resultado aplica-se a alíquota interna do estado de destino, e depois desconta-se o ICMS próprio da operação para chegar ao ICMS-ST a recolher.
Uma observação importante: cada estado pode ter regras específicas nas suas legislações internas ou em convênios e protocolos, então sempre vale confirmar a legislação do estado de destino da mercadoria, pois pode haver alguma particularidade na aplicação da MVA ajustada, por exemplo.