Olá Aline, bom dia.
Se a empresa é optante pelo simples nacional, não deve ser preenchido as informações tributárias na nota fiscal. Não está correto gerar a guia DAMSP, pois a empresa não deve ter ISS na prefeitura, somente na guia do Simples Nacional.
Faça o enquadramento retroativo dentro do nota do milhão, além de ajustar o regime tributário no cadastro.
Espero ter ajudado.