Olá Esdras, boa noite.
Se as declarações foram enviadas corretamente e dentro do prazo, mas o CNPJ permanece inapto devido à omissão de declarações, é importante seguir estes passos:
Verifique se todas as informações cadastrais do CNPJ estão corretas e atualizadas.
Revise minuciosamente todas as declarações enviadas em busca de possíveis erros ou inconsistências nos dados declarados.
Certifique-se de possuir os comprovantes de entrega de todas as declarações.
Se necessário, entre em contato diretamente com a Receita Federal para esclarecer a situação e buscar uma solução.
Espero ter ajudado!