Olá Rosemeire
A emissão da nota fiscal de industrialização por encomenda sem a nota de remessa de insumos do encomendante é uma situação irregular.
Sem a nota de entrada, você não tem o lastro fiscal para justificar o retorno desses materiais.O ideal é que você solicite ao seu cliente a emissão da nota retroativa ou, em casos extremos e dependendo da legislação do seu estado, verifique a possibilidade de emitir uma nota fiscal de entrada própria para regularizar o estoque, embora isso não seja o procedimento padrão para essa operação.
Espero ter ajudado.