Olá José, bom dia.
vamos lá:
1 - Desconheço um sistema que emita fatura, precisaria pesquisar se tem algum do ramo do seu cliente que possa atender; na maioria dos casos, utilizam modelos editáveis mesmo.
2 - Não tem vinculo com a Receita Federal, diferente da nota fiscal.
3 - Os tributos incidentes será de acordo com a tributação da empresa.
4 - Sim, PGDAS/ DEFIS e DESTDA.
Espero ter ajudado.