Olá Silvia
Se você vai atender uma farmácia no Lucro Presumido, o principal cuidado não é o IRPJ e a CSLL (que são tranquilos: 8% e 12% sobre a receita, apuração trimestral). O maior ponto de atenção está no PIS e COFINS e no ICMS.
Na farmácia, muitos medicamentos são monofásicos. Isso significa que a indústria já pagou PIS e COFINS por toda a cadeia, e a farmácia vende com alíquota zero. Se o sistema não separar corretamente essas receitas, você pode acabar pagando imposto indevido. Esse é o erro mais comum.
Outro ponto crítico é o ICMS-ST. Em muitos estados, o ICMS dos medicamentos já vem retido na compra. Então a farmácia não destaca ICMS na venda desses produtos. É fundamental conferir se o estoque, as notas e o SPED estão coerentes com isso.
Você também precisa ter atenção com:
Separação correta das receitas (monofásica, tributada normal, alíquota zero).
Controle de estoque (perdas, vencimentos e CMV).
Conciliação de cartões e convênios (PBM).
Bonificações da indústria.
As principais obrigações serão: EFD ICMS/IPI (SPED Fiscal), EFD-Contribuições, DCTF/DCTFWeb, ECD, ECF, eSocial e obrigações estaduais da sua UF.
Espero ter ajudado.