Boa noite Gabriele!
De forma geral, no Lucro Real a contabilidade rege-se estritamente pelo regime de competência (art. 177 da Lei nº 6.404/1976 e RIR/2018), de modo que a receita de serviços intercompany deve ser reconhecida no mês em que o serviço é efetivamente prestado, independentemente da data de emissão da Nota Fiscal, que serve, precipuamente, como documento fiscal de circulação/cobrança e cumprimento de obrigações acessórias municipais.
A Receita pode cobrar sim, mas não pela divergência conceitual entre competência e emissão da NFS-e em si, e sim por inconsistência de cruzamento de dados.
A Receita Federal cruza informações de diversas obrigações acessórias (como EFD-Contribuições, DCTF, ECF e, futuramente, com a expansão da NFS-e padrão nacional e cruzamentos eletrônicos). Quando a RFB verifica que a base de cálculo da estimativa mensal ou da receita informada em determinado mês não bate com o faturamento espelhado nas notas fiscais emitidas (ou declaradas na NFS-e), o sistema ou o auditor fiscal é atraído a investigar a assimetria.
Para fins de apuração do Lucro Real e das estimativas mensais (seja por percentual sobre a receita bruta ou por balancete de suspensão/redução), o que vale é a receita incorrida (competência) registrada na escrituração contábil regular e comercial (SAP).
A Nota Fiscal é o instrumento hábil para documentar a prestação de serviços, mas o fato gerador do IRPJ e da CSLL (e o reconhecimento da receita) vincula-se à competência do serviço realizado.
Espero ter ajudado.