Olá Apolinário
Primeiro oriente seu cliente para separar o que é PF da PJ. Além de usar a conta bancária para as atividades objetos da empresa.
Nesse caso, uma alternativa é lançar os depósitos e transferência do sócio a empresa como empréstimo, assim não é considerado Receita tributável, mas incide IOF na operação.
Espero ter ajudado.