Olá Gilmar
Até o momento não se tem uma legislação específica que obrigue informar os dados do CRM na Nota Fiscal de Prestação de Serviços por PJ.
Entende-se que a Empresa tem o médico devidamente registrado e Ativo com seu registro, pois é uma das exigências para abertura desse tipo de empresa.
Mas é recomendado que Informe esses dados em Informações complementares.
Espero ter ajudado.