Olá Grazi
A declaração precisa ser enviada.
Em relação ao pagamento, já que foi emitido as guias pelo Sicalc web, o sistema irá reconhecer o pagamento e desconsiderar a cobrança gerada pelo MIT, pois CNPJ e Códigos são os mesmos. Mas recomendo que acompanhe para vê se ficará tudo quitado, caso dê alguma divergência, será preciso encaminhar uma solicitação de compensa.
Espero ter ajudado.