Olá Lucas
Sim, desde que a NF de nacionalização seja emitida primeiro. É ela que registra:
o desembaraço aduaneiro
a base de cálculo da importação,
os impostos incidentes (II, IPI, PIS/Cofins-Importação, ICMS-Importação)
o custo da mercadoria nacionalizada.
A NF de transferência deve ser emitida somente após a nacionalização, pois a mercadoria só pode ser transferida após integrar o estoque da filial que realizou a importação.
Mesmo que tudo ocorra no mesmo dia, a ordem cronológica deve ser respeitada.
Espero ter ajudado.