Olá Valéria. Bom dia.
Essa operação gera um alto risco de autuação fiscal em uma eventual fiscalização de barreira (posto fiscal) ou em cruzamentos digitais. O principal motivo é a violação do Princípio da Autonomia dos Estabelecimentos. Para o Fisco (especialmente o da Bahia e o de São Paulo), a Matriz e a Filial são pessoas jurídicas totalmente distintas para fins de ICMS.
Emitir a Nota Fiscal faturada para a Filial e entregar fisicamente na Matriz — sem a devida triangulação de notas — configura circulação de mercadoria sem documento fiscal idôneo e divergência de destino.
Como a matéria-prima sairá de São Paulo com destino à Bahia, ela passará por barreiras fiscais. Se o fiscal interceptar o caminhão e constatar que o endereço físico de entrega (Matriz) não confere com o destinatário impresso no DANFE (Filial), ele tem base legal para:
Reter a carga até a regularização.
Lavrar auto de infração contra o transportador e contra a sua empresa.
Se a filial se creditar do ICMS destacado na nota do fornecedor, mas a mercadoria nunca entrou fisicamente no estabelecimento dela, o Fisco pode glosar (anular) esse crédito. A filial não pode se creditar de algo que não recebeu, e a matriz não pode se creditar de uma nota emitida para outro CNPJ.
Fazer uma nota de transferência da Filial para a Matriz após o recebimento não sana a irregularidade. A transferência pressupõe que a mercadoria saiu da filial e foi para a matriz. Se a fiscalização cruzar os dados de canhoto de recebimento, MDF-e (Manifesto de Carga) ou o rastreamento do caminhão, verá que a mercadoria foi direto para a matriz. A transferência posterior será considerada uma "nota fria" (operação fictícia de circulação), gerando outra penalidade.
Haverá uma quebra no controle de estoque físico e fiscal. A filial terá um estoque virtual (no sistema) que não existe fisicamente, e a matriz consumirá uma matéria-prima na produção que legalmente não entrou em seu estoque.
Para que a operação seja 100% legal e não corra riscos, o fornecedor de SP deve realizar uma operação triangular de "Venda à Ordem" ou "Entrega em Estabelecimento Terceiro" (se a legislação estadual permitir).
Aqui estão as duas soluções viáveis:
O fornecedor de SP fará o faturamento para a Filial, mas a remessa sairá direto para a Matriz. Para isso, são necessárias 3 notas fiscais:
Nota do Fornecedor para a Filial (Faturamento):
CFOP: 6.118 ou 6.119 (Venda de mercadoria entregue ao destinatário por conta e ordem do adquirente originário).
ICMS: Destacado normalmente (se houver).
Informações Complementares: Mencionar que a mercadoria será entregue na Matriz (inserir CNPJ, IE e endereço da Matriz).
Nota do Fornecedor para a Matriz (Remessa por Conta e Ordem):
CFOP: 6.923 (Remessa por conta e ordem de terceiros, em venda à ordem).
ICMS: Sem destaque (suspenso).
Finalidade: É esta nota que acompanha o transporte físico da mercadoria de SP até a BA.
Nota da Filial para a Matriz (Venda/Transferência à Ordem):
CFOP: 6.120 (Venda de mercadoria adquirida ou recebida de terceiros entregue pelo fornecedor ao destinatário).
ICMS: Destacado normalmente (este será o crédito que a Matriz vai utilizar).
Nota: Esta nota deve ser emitida pela Filial no exato momento em que o fornecedor fatura a operação, para que o caminhão viaje com as notas de Remessa (6.923) e de Venda à Ordem (6.120).
O Artigo 19, § 4º do Convênio S/Nº de 1970 permite que, no caso de estabelecimentos do mesmo titular (Matriz e Filial), a nota seja faturada para um e entregue no outro, desde que ambos estejam no mesmo Estado.
Como envolve estados diferentes (SP e BA), a Bahia e São Paulo exigem que o local de entrega conste expressamente no campo próprio da NF-e ("Identificação do Local de Entrega").
Se o fornecedor preencher o campo específico de Local de Entrega com os dados da Matriz na BA, e faturar no campo Destinatário para a Filial (também na BA), a operação é válida, desde que a Filial e a Matriz estejam na Bahia.
Se a Filial estiver em outro estado (ex: filial em SP e matriz na BA), essa modalidade simples não pode ser usada, restando apenas a Opção A (Venda à Ordem).
Espero ter ajudado.