Olá Bruno. Bom dia.
Sua percepção está totalmente correta. Essa combinação de CFOPs da forma como foi emitida não faz sentido fiscal ou logístico e configura um erro de operação por parte do fornecedor.
O CFOP 5923 (Remessa de mercadoria por conta e ordem de terceiros, em venda à ordem ou em depósito fechado) é uma operação interna (começa com 5), indicando que o depósito fechado do fornecedor está no mesmo estado que ele.
Já o CFOP 6106 (Venda de mercadoria adquirida ou recebida de terceiros, que não deva por ele transitar) é uma operação interestadual (começa com 6).
Se o fornecedor emitiu uma remessa interna (5923) para um depósito fechado, significa que a mercadoria saiu do estabelecimento dele e foi para um galpão próprio/parceiro dentro do mesmo estado.
Se ele vendeu essa mercadoria para você utilizando o CFOP 6106 (venda interestadual de mercadoria que não transita pelo estabelecimento dele), o fisco entende que a mercadoria deveria estar saindo desse depósito fechado diretamente para você.
O erro: Se o depósito fechado está no mesmo estado do fornecedor (por isso o CFOP 5923), e você está em outro estado (gerando a venda 6106), a saída física da mercadoria do depósito fechado para a sua empresa também deveria ser uma operação interestadual. O fornecedor gerou um fluxo onde a mercadoria "entra" de um jeito e desaparece do depósito sem a respectiva nota de saída interestadual de remessa por conta e ordem.
O fornecedor precisa corrigir isso. Dependendo de onde a mercadoria está fisicamente e de onde estão as empresas, o cenário correto deve se enquadrar em uma das duas situações abaixo:
Se o depósito fechado do seu fornecedor fica no seu estado (ou em um estado diferente do fornecedor), a operação inversa faz todo o sentido:
A Venda: O fornecedor emite a nota de venda para você com o CFOP 6106 (Venda interestadual de mercadoria que não transita pelo estabelecimento dele).
A Remessa: A remessa física que ele fez para o depósito fechado deveria ter sido interestadual, utilizando o CFOP 6923 (Remessa por conta e ordem... interestadual).
A Entrega: O depósito fechado (que está fora do estado do fornecedor) emitiria uma nota de entrega para você (CFOP 5924 se for interno, ou 6924 se for interestadual em relação ao depósito).
Se o fornecedor e o depósito fechado dele estão de fato no mesmo estado (justificando o CFOP 5923 que ele usou internamente), a venda para você (que está em outro estado) deveria seguir o fluxo padrão de Venda à Ordem / Depósito Fechado:
Nota de Venda: O fornecedor emite a nota de venda interestadual para você com o CFOP 6106 (ou 6102, dependendo da origem da mercadoria).
Nota de Saída do Depósito: O depósito fechado (ou o próprio fornecedor, a depender da triangulação) precisa emitir uma nota de Remessa por conta e ordem de terceiros com o CFOP 6924 (Venda à ordem/depósito fechado para destinatário em outro estado). É essa nota (6924) que acompanha o transporte físico da mercadoria até a sua empresa.
Você não deve aceitar a escrituração dessas notas da forma como estão, pois há uma clara quebra de fluxo na circulação da mercadoria que pode travar em uma fiscalização de barreira fiscal.
Ação: Entre em contato com o setor fiscal do fornecedor.
Argumento: Mostre que o CFOP 5923 obriga que a operação seja interna, enquanto a venda 6106 empurra a operação para fora do estado sem que haja o respectivo CFOP correspondente de remessa/entrega interestadual (6923 ou 6924).
Solução: Eles precisarão cancelar as notas (se estiverem no prazo) ou emitir notas de estorno/devolução para refazer a operação desenhando o fluxo correto da mercadoria.
Espero ter ajudado.