Olá Denes
A emissão das Notas Fiscais é uma obrigação acessória, a obrigação principal é o pagamento do tributos, por isso, recomendo que retifiquem os meses que teve Faturamento mas não emitiram a nota e recolha os impostos. E oriente ao seu cliente que a emissão da Nota fiscal é obrigatória.
Espero ter ajudado.