Olá Sheila
As empresas prestadoras de serviço optantes pelo Simples Nacional localizadas no município de São Paulo não são obrigadas neste momento a emitir suas notas fiscais exclusivamente pelo Portal Nacional da NFS-e.
A Prefeitura de São Paulo mantém o seu próprio sistema de emissão o “Nota do Milhão” como plataforma oficial para geração da NFS-e municipal, inclusive para empresas do Simples Nacional.
Embora o padrão nacional de NFS-e já exista e esteja sendo implementado gradualmente em diversos municípios brasileiros, São Paulo ainda não aderiu integralmente ao uso exclusivo do Portal Nacional. O sistema municipal já está tecnicamente alinhado ao padrão nacional, mas a migração obrigatória ainda não ocorreu.
Espero ter ajudado.