Olá Núbia
Sim, precisa emitir uma Nota de baixa de estoque.
CFOP 5927
Natureza de operação: Baixa de Estoque por Perda
Destinatário/Remetente: a própria empresa
Valor da Nota: a nota fiscal emitida deverá ser no valor do custo da aquisição da mercadoria.
Verifique a legislação Estadual para mais informações sobre esse processo de emissão de NF para baixa de estoque por perda.
Espero ter ajudado.