Bom dia;
1º Informe o ocorrido ao seu cliente
2º Vc tem algumas alternativas para resolver como:
Abrir um novo CNPJ e dar baixa neste atual ou manter a do presumido sem mov. (Emitindo NFS apenas na nova do SN).
Caso contrario, mantem esse ano no Presumido e ano q vem opta pelo SN, mas faça um estudo antes de quanto o cliente vai pagar estando no presumido.
Com relação a NFS emitida, se ela está valida tem q fazer a apuração normal como Presumido e recolher os imposto devidos!