Olá Marcela, boa noite.
Sim, pode haver problemas se a empresa não estiver emitindo notas fiscais para as operações realizadas. A emissão de nota fiscal é uma obrigação legal para todas as empresas, mesmo aquelas enquadradas no Simples Nacional.
Se seu cliente não estiver emitindo notas fiscais, ele ficará em desconformidade com a legislação tributária e poderá estar sujeito a audiências, como multas e até mesmo a suspensão ou cassação do registro da empresa.
Além disso, ao declarar o valor recebido sem a emissão de nota fiscal, seu cliente estará sujeito a uma possível fiscalização por parte da Receita Federal. Se houver discrepâncias entre os valores declarados e os registros fiscais, ele poderá ser chamado para prestar esclarecimentos e poderá ser penalizado por sonegação fiscal.
Portanto, é essencial que seu cliente comece a emitir notas fiscais para todas as operações realizadas e esteja em conformidade com a legislação tributária
Espero ter ajudado.