Ola Mônica
Nesses casos, precisa verificar o que a legislação Estadual diz sobre o assunto. Considerando o cenário Nacional, acontece duas situações;
1. É a emissão da NF símbolica de estorno dessa mercadoria, e após isso uma emissão de baixa de estoque por roubo/perda;
2. Lançar apenas na contabilidade essa perda.
Para saber como proceder no seu caso, precisa verificar o que o Estado diz sobre essa situação, pois cada um tem suas particularidades.
Espero ter ajudado.