Boa tarde, Tatiane,
Essa situação envolve pelo menos três partes com obrigações distintas, então vou detalhar o que cada uma precisa fazer.
O que aconteceu do ponto de vista fiscal
A nota fiscal original foi emitida pela empresa paulista cobrindo 100% da mercadoria. Durante o transporte, parte dessa mercadoria foi destruída ou danificada de forma irreversível, e a transportadora assumiu a responsabilidade pelo ocorrido. Isso cria uma situação em que o valor faturado não corresponde mais ao que chegou ao destino, e o ressarcimento vem de terceiro, não do vendedor.
O que a empresa remetente (SP) deve fazer
A empresa que vendeu a mercadoria, em princípio, cumpriu sua parte quando entregou ao transportador. A nota fiscal de venda foi emitida corretamente e o fato gerador do ICMS e dos tributos do Simples Nacional já ocorreu. Nesse caso, a empresa remetente geralmente não precisa emitir nota fiscal de devolução parcial, porque a perda não ocorreu em seu estabelecimento e o cliente não está devolvendo a mercadoria, ele simplesmente não a recebeu.
No entanto, é muito comum que as partes negociem um abatimento comercial ou um crédito para o cliente, e nesse caso a empresa remetente poderia emitir uma nota fiscal de entrada referenciando a nota original, com natureza de "devolução parcial", para dar respaldo ao ajuste de valor. Isso depende do que for acordado entre vendedor e comprador.
Se o vendedor optar por simplesmente não fazer nada porque o ressarcimento virá diretamente da transportadora ao comprador, sem envolvimento financeiro do remetente, não há obrigação de emitir nova nota fiscal da parte dele. Contabilmente, a receita foi reconhecida normalmente.
O que o destinatário (MG) deve fazer
O destinatário recebeu a mercadoria com avaria visível. O procedimento correto é recusar o recebimento da parte danificada e registrar a ocorrência no conhecimento de transporte no momento da entrega, com a anotação da quantidade recebida e da quantidade recusada. Esse registro no verso do conhecimento de transporte é um documento fundamental para respaldar qualquer reclamação posterior.
Se ele recebeu e depois verificou o dano, deve comunicar imediatamente a transportadora por escrito. Para fins fiscais, o destinatário pode emitir uma nota fiscal de devolução simbólica referente à parte não recebida, endereçada ao remetente, o que ajuda a ajustar o estoque e os registros contábeis, já que ele nunca incorporou de fato aquela mercadoria ao seu ativo.
Do ponto de vista do ICMS, como o destinatário mineiro não é contribuinte substituído e a mercadoria não chegou, ele pode aproveitar o diferencial de alíquota proporcional à parte recebida, não ao total faturado. Se ele já escriturou a entrada pelo valor total, precisará fazer um ajuste na apuração.
O que a transportadora deve fazer
A transportadora é a grande protagonista da documentação nessa situação. Ela emitiu um Conhecimento de Transporte Eletrônico (CT-e) cobrindo o transporte da mercadoria. Com a perda parcial e a assunção da responsabilidade, ela deverá emitir um CT-e de anulação ou substituto, conforme o caso, ajustando o valor do frete correspondente à parte perdida.
Quanto ao ressarcimento ao destinatário, a transportadora não está vendendo ou comprando mercadoria, ela está indenizando por perda durante a prestação de serviço. Por isso, o instrumento correto não é uma nota fiscal de mercadoria, mas sim um documento de indenização, que pode ser formalizado por meio de recibo, boleto ou transferência bancária acompanhados de um termo de indenização assinado pelas partes.
Contabilmente, a transportadora registra essa indenização como uma despesa operacional de sinistro ou perda no transporte, e o destinatário registra o valor recebido como uma receita de indenização ou como redução do custo da mercadoria perdida, dependendo da orientação contábil adotada.
Um ponto importante sobre o seguro
Se havia seguro de carga contratado, seja pela transportadora ou pelo remetente, o processo passa também pela seguradora. Nesse caso, o boletim de ocorrência ou o registro fotográfico do sinistro se tornam documentos indispensáveis, e a indenização pode vir da seguradora em vez de diretamente da transportadora.
Resumindo os documentos que devem circular
O remetente pode emitir nota de devolução parcial se houver acerto financeiro entre ele e o comprador. O destinatário deve emitir nota de devolução simbólica para regularizar o estoque e os registros fiscais. A transportadora deve ajustar o CT-e e formalizar a indenização por meio de termo escrito e comprovante de pagamento. O registro da avaria no conhecimento de transporte no momento da entrega é o ponto de partida de toda essa cadeia documental, e sem ele fica muito difícil respaldar os procedimentos seguintes.