Olá Daniel
No caso de pagamento em duplicidade de guia do parcelamento do Simples Nacional, o valor não é automaticamente abatido nas próximas parcelas nem no saldo final do parcelamento. Isso ocorre porque o sistema do Portal do Simples Nacional e o e-CAC da Receita Federal tratam o pagamento em duplicidade como um crédito não vinculado automaticamente a um débito específico.
Por isso recomendo solicitar a restituição através do Portal do ECAC - Pedido de Restituição. Ou se preferir pode solicitar a compensação via PER/DCOMP Web.
Espero ter ajudado.