Olá Mayara
Sim, você pode retificar as declarações apenas em relação aos rendimentos do RPPS, já que há respaldo legal.
Solicite também através de processo na Receita Federal a restituição dos valores pagos indevidamente nos últimos 5 anos em relação ao RPPS.
Depois, quando obtiver decisão favorável em relação ao INSS, você faz nova retificação contemplando também esses rendimentos.
Obs. A Receita Federal só reconhece a isenção se o laudo médico for emitido por serviço médico oficial da União, Estados, DF ou Municípios.
Espero ter ajudado.