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Bom dia!

Normalmente não consegue emitir a CND enquanto o pagamento ainda não compensou no sistema. A regularização costuma aparecer somente após a baixa/compensação do pagamento.

Em alguns casos, quando há urgência, vale tentar abrir um chamado pelo chat do e-CAC se for a CND federal, informando que o débito já está em processo de pagamento e anexando o comprovante. Pode ser que eles analisem e liberem uma Certidão Positiva com Efeitos de Negativa, dependendo da situação. E para liberação mais rapida ainda o pagamento feito via pix cai mais rapido e o sistema atualiza dentro de algumas horas.

Já aconteceu comigo de conseguir dessa forma, mas vai depender da análise da Receita/PGFN e da situação do débito.