Olá, bom dia!
Como a empresa está inativa, possivelmente você não vai conseguir validar essa nota fiscal. E emitindo para o novo CNPJ, é preciso cuidado, já que a intenção da nota, é vincular a devolução da remessa original. Mas seria importante verificar com o Fisco local, já que para cada estado, pode ter uma regra diferente.
Espero ter ajudado.