Olá Amanda
Os MEIs são contratados por seu cliente, logo o pagamento é de sua responsabilidade.
Por isso, seu cliente precisa emitir a Nota Fiscal com o valor total do serviço para a empresa A que o contratou.
O imposto será pago em cima do valor do Faturamento, pois os motoristas não tem vínculo com a empresa A, e sim com seu cliente. Os motoristas é considerado como uma despesas dentro dessa operação.
Espero ter ajudado.