Olá Francisco
A matéria Prima pode e deve ser emitida para o CNPJ da Filial, pois é ela que faz o processo de industrialização.
Pode até ser emitida para o CNPJ da Matriz, mas essa terá que emitir uma nota para a mercadoria chegar a Filial.
Em relação a venda a resposta é depende.
A Filial pode emitir uma Nota direto ao Cliente, assim como também pode emitir uma Nota para a Matriz ter o estoque e essa revender ao cliente.
Espero ter ajudado.