Olá Roberta, tudo bem?
Particularmente não lidei com esses projetos, mas entendo que a emissão do RPA (pelo projeto) para o seu nome (como prestadora de serviços) e o recolhimento das guias de INSS e IRRF retidos são a forma mais segura e expressamente aceita para justificar o pagamento dos seus serviços na prestação de contas do PROAC.
Espero ter ajuaddo.