Olá Ricardo
Sim, é o processo correto. Informar o real Faturamento da empresa.
Se as guias já foram pagas, o próprio sistema irá calcular a diferença e emitir a guia apenas com valor que falta.
Se não foram pagas, o valor será atualizado de acordo com o faturamento informado e como está fora do prazo, vai incidir juros e multas.
Espero ter ajudado.