Olá Davi
A empresa irá apurar e recolher os impostos devidos, no caso a responsabilidade recai sobre ela.
Caso queira entender melhor, recomendo a aula de RPA, segue o link:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/78968-como-atender-autonomos-e-profissionais-liberais/1867951-rpa
Espero ter ajudado.